2002 ഏപ്രിൽ 24ന് അതിരൂപതയുടെ സഹായമെത്രാനായി നിയമിതനാകുമ്പോൾ സ്വീകരിച്ച ആപ്തവാക്യം ‘ആത്മാവിലും സത്യത്തിലും’ എന്നാണ്. പിന്നീട് അദ്ദേഹം ആ പേരിൽത്തന്നെ ഒരു ഗ്രന്ഥം രചിക്കുകയും ചെയ്തു. എഴുത്തിനും : വായനയ്ക്കും സമയം കണ്ടെത്തുന്ന അദ്ദേഹം ഇംഗ്ലിഷിലും മലയാളത്തിലുമായി 23ൽ അധികം പുസ്ത‌കങ്ങൾ രചിച്ചു. മീഡിയ വില്ലേജിലൂടെ ദൃശ്യ-ശ്രാവ്യ മാധ്യമരംഗത്തും ഡിജിറ്റൽ മേഖലയി ലും സഭയുടെ കയ്യൊപ്പും സാന്നിധ്യവും ശക്തമാ ക്കി. ഇടവകകളെ ശക്തിപ്പെടുത്താൻ ശ്രദ്ധിച്ച അദ്ദേഹം പാസ്റ്റ‌റൽ കൗൺസിലിന്റെ മാതൃക യിൽ ഫെറോന കൗൺസിലുകൾ രൂപീകരിച്ചു. തൃക്കൊടിത്താനം, കുടമാളൂർ, തുരുത്തി, ചെങ്ങ ന്നൂർ, മുഹമ്മ എന്നീ ഫെറോനകളും ആരംഭിച്ചു. 12 പുതിയ ഇടവകകളും മിഷൻ സ്‌റ്റേഷനുകളും തുടങ്ങി.
ആരാധനാക്രമം, വിശ്വാസപരിശീലനം, കൂട്ടാ യ്മ, ആതുരശുശ്രൂഷ, വിദ്യാഭ്യാസം എന്നീ മേഖ ലകളിലെല്ലാം സംഭാവനകൾ നൽകി. വിഭജിതവ ഴികളും വിഘടനവാദവും മുറുകുന്ന വർത്തമാന കാലത്തു വിശ്വാസികൾക്കും ദൈവത്തിനുമിട യിൽ ശക്തമായ പാലമാകാൻ അദ്ദേഹത്തിനു കഴിഞ്ഞു. ആത്മാവിലും സത്യത്തിലും സഭയെ വഴിനടത്തിയെന്നു സഭാംഗങ്ങൾക്ക് ഉറപ്പോടെ പറയാവുന്ന അജപാലകനായാണ് അദ്ദേഹം പടി യിറങ്ങുന്നത്.
സഭാപാരമ്പര്യങ്ങളെ മുറുകെപ്പിടിക്കുന്ന അദ്ദേഹം ‘മാർത്തോമ്മാ ക്രിസ്ത്യാനികളു ടെ സഭയ്ക്ക് 1712 മുതൽ 1752 വരെയു ണ്ടായ അപചയം’ എന്ന വിഷയത്തിലാ ണു റോമിലെ ഗ്രിഗോറിയൻ യൂണിവേ ഴ്സിറ്റിയിൽ നിന്നു ഡോക്‌ടറേറ്റ് നേടിയ ത്. പഠനകാലത്തു റോമിലെ സിറോ മലബാർ – സിറോ മലങ്കര സഭാംഗങ്ങളുടെ കൂട്ടായ്മ‌യായ മാർത്തോമ്മായോഗത്തി ന്റെ പ്രധാന സംഘാടകനായിരുന്നു. സഭാംഗങ്ങൾക്കു ദൈവശാസ്ത്രം പഠിച്ചു മുന്നേറാൻ മാർത്തോമ്മാ വിദ്യാനികേതൻആരംഭിച്ചതും മാർ പെരുന്തോട്ടമാണ്. അജപാല നമേഖലയിലെ പ്രശ്‌നങ്ങൾ കണ്ടെത്താനും പരി ഹരിക്കാനുമായി ജാഗ്രതാസമിതികൾ രൂപീകരി ച്ചു. തീവ്രവാദം, നിരീശ്വരവാദം എന്നിവയ്ക്കെതി രേ ബോധവൽക്കരണത്തിനായി വിശ്വാസബോ ധിനി ആരംഭിക്കാനും അദ്ദേഹം ശ്രദ്ധിച്ചു
